觉囊派最早是在十一、十二世纪时，有一位域摩·弥觉多吉，他自己在苦心钻研佛法经论的教理之后，排除了密教的邪法，而回归 龙树菩萨以及 弥勒菩萨的真实法教来教导徒众。
到了十三世纪时，法脉传到了土杰尊追，他在日喀则拉孜县附近的觉摩囊地区修建了寺院，因此简称为觉囊巴。从此之后觉囊派的名声，就逐渐地传扬开来，
又三传到笃补巴·喜饶坚赞，他著作了《山法了义海论》以及《第四结集论》等书，来阐扬他空见的义理。他长期在拉萨地区弘法，使得觉囊派的如来藏法教很快速地发展起来，那时候每天跟著他修学的人，达到有两千人之多。因为笃补巴他非常完整地建立了中观他空见的理论体系，可说是传播他空见法教的先驱，所以也有人认为笃补巴才是觉囊派的开派祖师。

到了十七世纪初的时候，觉囊派传到了多罗那他。多罗那他很深入的钻研了《现观庄严论》、《笃补巴全集》等等的法教，并且著作了《印度佛教史》、《普贤经释》等等书。多罗那他27岁在拉萨说法度众的时候，跟随他听法的徒众，就已经超过了上万人。当时觉囊派的寺庙也遍布了、西康、四川等等地方，他空见的如来藏法教，在这个时期达到了最高峰。觉囊派所主张的他空见大中观法教，和中观自续派以及中观应成派完全不同；
他空见的核心要义是依据 佛陀的真实法教，也就是八识论的如来藏正理，而不是外道六识论的中观思想和谭崔密法。
所谓他空见是说：一切事物或现象都是由真实的本体如来藏所生，这个本体是本然存在，而且常恒不变的，并且能够出生万法，因此一切的事物或现象，都函盖在这个本体之内。所以说，有情众生所感知到的外境，其实都是如来藏这个本体所现起的影像而已，如果离开了本识如来藏，其实就没有外境可说了，这就是万法唯识的真理。依照他空见的教义，这个自心如来藏，从本以来就是自有的，但是显现于外在的蕴处界等等虚妄境界，却是属于他空之法，依于这个本不生灭的本体，而说一切的事物或者现象是空相、是性空。因此说性空只能说是他空，而不能说是自空；也就是说，虽然世俗谛没有真实的体性，但是胜义谛本体却是真实不空的。因为他空见确实远离了断见以及常见这两边，因此是正真了义的中观。这个他空见的教义也完全符合佛法的真实义。所以说，曾经在大力弘传第八识如来藏法教的觉囊派，才是唯一的真藏传佛教。

在觉囊派祖师笃补巴以及多罗那他的时期，虽然说在表相上，也有随俗兼传时轮金刚法来作为掩护，但是实际上却是依于亲证如来藏的见地，来弘扬他空见；并且在暗地里破斥自续派、应成派六识论的错误中观见，同时也破斥密教无上瑜伽的双身修法。
因为觉囊派所弘传的佛教，和四大派所弘传的无上瑜伽双身修法格格不入，因此当时主政的格鲁派非常的仇视觉囊派，但是格鲁派好多次和觉囊派作公开辩经、法义论战，却都是以落败收场，最后格鲁派的达赖五世恼羞成怒，于是就授意达布派以及萨迦派的群众，一次次以刀杖来打杀觉囊派的僧众，觉囊派的势力因此就逐渐消散。
最后，达赖五世甚至把多罗那他给逐出，并且把所有觉囊派的寺院也都给接收了。于是唯一在传授佛教的觉囊派，就这样被彻底的消灭掉了，因此佛教就彻底的在地区灭绝了。从此之后，地区就剩下只有佛法名相，却毫无佛法实质的假藏传佛教外道法在盛行了。

彼时黄教又销毁觉囊巴寺院中之他空见刻版，将觉囊巴之法义另作曲解，别刻书版取代原有书版，而偷存于觉囊巴寺院之刻版中，令其留存至后代。此皆黄教掌控下所写之密教史中故意隐瞒之历史事实。