欲以现代科学一窥佛法之堂奥，连禅宗初悟的曹源一滴水都尚未触及，更何况能取其一瓢饮！虽然，我们并不否认现代科学着实为人类揭开亘古以来的部分难题，但却也增长了无明凡夫的世智与辩聪。然而，科学这个工具对于学佛人来说是利是弊，却是因人而异，并不能一概而论。因为，有人因此增进观行之体验而与修证佛法相得益彰，也有人却因此满口戏论、满腹葛藤，而这其中之关键，是在于能不能「如理作意」。想要踏入「真正的如理作意」之门，亲证如来藏阿赖耶识而入于中道之门，并安忍其本来、自性、清净、涅盘之中道性，是必经、也是唯一之路。如是，方堪依之修学五法、三自性、七种第一义、七种性自性、二种无我以至通达无碍。

一个契证阿赖耶识而迈入相见道位且深入观行的人，一定能如理作意、如实了知：如来藏之性用，在众生因地时之阿赖耶识位已是深不可测，何况如来藏于佛地时之无垢识位，更是难思难量。细观自身八识之互动状况，烦恼习气如何形成？与习气形成息息相关之记忆如何运作？如何储藏？又如何提取？它们又如何影响我们的思想、行为？……？如上一言难以尽举之问题，现代科学亦只能解其冰山一角。若再论及阿赖耶识之性用，譬如大种性自性──众生如何依其别业摄取四大种而成就各自别别之正报身？如何依其共业而摄取四大种成就山河大地等之依报土？如何依其共业招感飓风、洪水、旱灾、刀兵劫等──则更是远远超乎现代科学所能了知的。这一切有漏、无漏有为法之运作，已是甚深极甚深，炫惑于有漏有为法上之无明众生，当然对于诸法本具之无漏无为性、清净性与真如性，更是无法想象的。如 世尊于《胜鬘经》所云：「自性清净心而有染污难可了知。有二法难可了知：谓自性清净心，难可了知；彼心为烦恼所染，亦难可了知。」正是此理。但这个自性清净心而有染污虽然如是难知难解，连大阿罗汉都无法证解，而这种般若境界却只是禅宗初悟明心的菩萨们所知，但明心悟后的禅宗菩萨们，却对上面所举的少数问题都仍无所知，还得要仰仗大善知识的悟后指导，才有可能渐次观察证实之。由此看来，以佛学的学术研究而想要证知佛法的密意，是难过肉身登天的。

所以，一个懂得依自性清净心──阿赖耶识──如理作意的人，一定常对于自身智慧之不足而深感惭愧，且一定会谨遵佛诫，绝不会轻贱般若之体──阿赖耶识，也不敢稍稍轻慢于活我法身慧命之恩师。更不会如2003年退转于阿赖耶识的人，轻贱禅三所发起的般若实相智之功德而说出「般若实相智可以从观看Discovery中获得」之痴话。诚然，对悟后依阿赖耶识「如理作意」的人来说，Discovery的节目确实可以增益般若种智之修学，并对其中之部分论述发起顺抉择分，如理简择其中正讹；然而对于不如理作意的人来说，对于轻贱阿赖耶识而退转回离念灵知心诸妄想法的人来说，Discovery的节目只是一个知识性的电视节目，提供消遣消遣、增长世间知识而已。若从佛法的角度来看，对于退失阿赖耶识心体本来无生的人，那仍然只是戏论；奢求从中获取点滴的佛法之法益，只是痴人说梦而已，以其不如理作意故，必定会产生种种违背佛法、悖离法界的妄想，那些人退失的人就是现成的例子。