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从行为制约再谈末那与意识之奥妙
第一章 引言
在第九期的电子报，末学以“从微笑浅谈末那与意识之奥妙”为题，简单的叙述了末那与意识的互动状况。文中对于由意识所启动的“应酬式的微笑”以及潜意识（末那）所直接传送出来而自动产生的“真正的微笑”（Duchenne Smile）作一简单的剖析。其中借用了法国解剖学家杜胥内（Duchenne, Guillaume 1806～1875）以神经科学的观点，发现这两种微笑所牵动的脸部肌肉是大异其趣的，当然其所引动的神经回路也是不同的。我们从这里看到了“微笑在为我们说法”，也很高兴实证的神经心理学为佛法提供了强而有力的左证。今天，我们尝试以心理学中有名的“古典制约论”，再度探讨末那与意识之奥妙。之所以在众多的心理学理论中选择巴伐洛夫（Pavlov, Ivan Peterorich 1849～1936）的“古典制约论”，来谈末那与意识之奥妙，是因为“制约”的行为正是习气形成或修除的主因，也就是“种子起现行，现行熏种子”的最佳写照。在此，仅藉“制约”行为的形成来说明末那与意识的互动状态，文中或许会兼谈及大脑信息处理系统、认知心理学的“认知论”，或是谈及以大脑与神经系统为重点的“生理（神经）心理论”，然亦只是为阐述主题之所需而借用其实验之现观，并无意著墨于各派心理学理论的全面探讨。
其实从佛法的角度来说，一切科学的结论都是戏论，他们是用对了方法，却搞错了方向，所以往往做对了实验，却搞错了结论。这是众生意识思惟的有限性，也是未能了解生命实相──如来藏，而妄生情解、未能如理作意之故。也因为科学理论是由意识堆砌而成，所以往往是长江后浪推前浪，是很容易受后来的理论与实验所推翻，是一种终将败坏散去的生灭之法。在此，我们也知道用行为科学来证明佛法，有其相当大的局限性，也容易受误解；因为绝大部分的行为科学研究者都是持著唯物观点，他们大多受了达尔文演化论所影响。达尔文所提出的“演化、天择”，是一种无因论及断灭论；达氏的主要论述中提到，物种的变异是由自然机率碰撞而来，是无因而生，这是标准的“自然外道”。诚然，达氏的理论提供了近代生物遗传学的一个重要思考方向，但是其以“唯物”为主的思考而将一切物种加以“物化”，犯了严重“化约论”的毛病。姑且不论此论是否与佛法相违，仅在事实上就受到许多有心探讨心智（mind）秘密之科学家的质疑，然这部分并非本文所探讨之重点。
其实，讲究实证的科学必有其存在的价值，若暂时排除他们的结论，而借用他们的实验成果来旁证佛法，并非毫无可取之处。在此略抒管见，只希望能引起有心修学唯识增上慧学之菩萨的共鸣，但愿能不违第一义悉檀，而方便以世间言说述之，用来证明世尊圣教之殊胜，来证明 平实导师所述之法义如实、如义，则佛法幸甚！众生幸甚！
第一节 从行为科学切入的理由
其实，唯识种智之学早已涵盖一切世出世间法，也涵盖一切有为、无为法，而现代科学只是有为法中的一部分，属于行为科学之制约心理学则更仅是其中之一小部分，我们学佛人又何必多此一举，徒增读者葛藤、增长戏论呢？但是：
一者，是因为大部分的众生或由于见取见的缘故，带著科学的傲慢与偏见，迷信自以为是的科学，却将佛法视为迷信而弃如蔽屣，故我们愿意以他们所认知的科学角度，从此切入来探讨这个问题。
二者，行为科学发展到今日，对于人类行为与精神的解释，著实为我们掀开了行为与精神的部分面纱。诚然，尚有很多的问题，现代行为科学或解释了一部分，或尚无法解答。如英国著名神经医学专栏作者卡特（Carter, Rita）所说：“神经科学的研究并不能释疑何谓存在的本质，但是可以提供解决的线索。请记住：这些研究是心智探索的初步成果……，还有很多事情是科学家不知道的……。”虽然很多行为科学研究者是唯物论者，但是从这些话可以看出一个科学研究者的严谨态度，我们仍然敬佩像这样“有一分证据，说一分话”以及“知之为知之，不知为不知”之谦卑而务实的科学精神。所以纯就科学实验之过程及结果来说，若是不见取其实验之结果而提出错误之论证，基本上我们还是对于实证的行为科学抱持正面、肯定的态度。因为，真正的佛法，正是一门实证之学，而行为科学所为我们解开的面纱，也或多或少为我们开启了另一扇观行实证之门。
三者，近代以印顺法师为首的佛学学术研究者，由于未能契证赖耶本心之真如性，非但以“性空唯名”、“虚妄唯识”诽拨赖耶本心，将实有谤为虚无，甚且提出意根末那乃意识所生而名为细意识之邪论，不但违背 世尊“意（根）、法为缘生意识”之圣教，也与一切现观相违。故我们也愿意藉这个机会，以现代行为科学的实验现观，来证明 佛说“阿赖耶识行于诸蕴稠林之中，意〔根〕为先导，意识决了色等众境……”之教示正真无讹。由此 世尊的教示，早已说明一切的意识思惟，或一切的行为造作，正是由意根末那识为先导而驱动的；自是无明众生颠倒邪见，才会产生“意根末那乃意识所生之细意识”之邪论。因此，若从科学实验或修行的实证现观论之，如是佛学学术研究者只是画饼充饥浪得虚名的本质，就充分显露出来了！如是崇尚哲思、玄谈之佛学学术研究者──印顺派法师，比起未学佛的行为科学研究者之脚踏实地，相对显得空泛不实，只是藉佛学学术研究之名以邀令誉尔。
四者，若依世界悉檀、为人悉檀、对治悉檀来说，不离第一义悉檀而有为众生之种种言说，亦应是佛陀所教诲者，亦是菩萨行者所当为者。而也唯有不离第一义谛来谈论种种世间相，方是真正的实践“佛法在世间，不离世间觉；离世觅佛法，恰如觅兔角”之圣训。否则，违教悖理而高唱“佛法在世间，不离世间觉”，如是而奢谈“人间佛教”，其实与佛法修证了无相干，而其一切言说都只是戏论中之戏论，是攀附于学术研究之世间盛名，自欺欺人而已。
第二节 如理作意是一切观行之母
欲以现代科学一窥佛法之堂奥，连禅宗初悟的曹源一滴水都尚未触及，更何况能取其一瓢饮！虽然，我们并不否认现代科学著实为人类揭开亘古以来的部分难题，但却也增长了无明凡夫的世智与辩聪。然而，科学这个工具对于学佛人来说是利是弊，却是因人而异，并不能一概而论。因为，有人因此增进观行之体验而与修证佛法相得益彰，也有人却因此满口戏论、满腹葛藤，而这其中之关键，是在于能不能“如理作意”。想要踏入“真正的如理作意”之门，亲证如来藏阿赖耶识而入于中道之门，并安忍其本来、自性、清净、涅槃之中道性，是必经、也是唯一之路。如是，方堪依之修学五法、三自性、七种第一义、七种性自性、二种无我以至通达无碍。
一个契证阿赖耶识而迈入相见道位且深入观行的人，一定能如理作意、如实了知：如来藏之性用，在众生因地时之阿赖耶识位已是深不可测，何况如来藏于佛地时之无垢识位，更是难思难量。细观自身八识之互动状况，烦恼习气如何形成？与习气形成息息相关之记忆如何运作？如何储藏？又如何提取？它们又如何影响我们的思想、行为？……？如上一言难以尽举之问题，现代科学亦只能解其冰山一角。若再论及阿赖耶识之其它性用，譬如大种性自性──众生如何依其别业摄取四大种而成就各自别别之正报身？如何依其共业而摄取四大种成就山河大地等之依报土？如何依其共业招感飓风、洪水、旱灾、刀兵劫等──则更是远远超乎现代科学所能了知的。这一切有漏、无漏有为法之运作，已是甚深极甚深，炫惑于有漏有为法上之无明众生，当然对于诸法本具之无漏无为性、清净性与真如性，更是无法想象的。如 世尊于《胜鬘经》所云：“自性清净心而有染污难可了知。有二法难可了知：谓自性清净心，难可了知；彼心为烦恼所染，亦难可了知。”正是此理。但这个自性清净心而有染污虽然如是难知难解，连大阿罗汉都无法证解，而这种般若境界却只是禅宗初悟明心的菩萨们所知，但明心悟后的禅宗菩萨们，却对上面所举的少数问题都仍无所知，还得要仰仗大善知识的悟后指导，才有可能渐次观察证实之。由此看来，以佛学的学术研究而想要证知佛法的密意，是难过肉身登天的。
所以，一个懂得依自性清净心──阿赖耶识──如理作意的人，一定常对于自身智慧之不足而深感惭愧，且一定会谨遵佛诫，绝不会轻贱般若之体──阿赖耶识，也不敢稍稍轻慢于活我法身慧命之恩师。更不会如2003年退转于阿赖耶识的人，轻贱禅三所发起的般若实相智之功德而说出“般若实相智可以从观看Discovery中获得”之痴话。诚然，对悟后依阿赖耶识“如理作意”的人来说，Discovery的节目确实可以增益般若种智之修学，并对其中之部分论述发起顺抉择分，如理简择其中正讹；然而对于不如理作意的人来说，对于轻贱阿赖耶识而退转回离念灵知心诸妄想法的人来说，Discovery的节目只是一个知识性的电视节目，提供消遣消遣、增长世间知识而已。若从佛法的角度来看，对于退失阿赖耶识心体本来无生的人，那仍然只是戏论；奢求从中获取点滴的佛法之法益，只是痴人说梦而已，以其不如理作意故，必定会产生种种违背佛法、悖离法界真相的妄想，那些人退失的人就是现成的例子。
第二章种子起现行，现行熏种子的制约行为
第一节 巴伐洛夫的古典制约论
对当代心理学稍有涉猎的人，都应该不会不认识这位俄国生理学家、心理学家、高级神经活动学说的创始人巴伐洛夫（Pavlov）。巴氏在与美国心理学家桑代克（Thorndike, Edward Lee 1874～1949）同时研究动物习性的期间，发现了条件反射现象。巴伐洛夫在实验室中发现，在喂食狗儿之前先让其听到铃声，然后食物伴随铃声出现。由于狗儿发现听到铃声之后就有食物出现，因此铃声和食物形成连结的概念（linked concepts），此后狗儿听到铃声便会流口水，这种现象被称之为“古典制约”；后来有关于制约心理学的理论，基本上均是脱胎于此。例如第二次世界大战期间，曾参与军方秘密作战计划的美国心理学家，新行为主义心理学派的主要代表人史金纳（Skinner, Burrhus Frederick 1904～1990），就是采用制约学习之“操作条件”作用的方法训练鸽子，用以控制飞弹与鱼雷，这是由“古典制约”所衍生出来的“操作制约”。
巴伐洛夫在“古典制约论”中，将来自于铃声的刺激称为“条件刺激”，将来自于食物之刺激称之为“无条件刺激”。巴伐洛夫认为“古典制约”主要是由中枢神经系统高级部分实现的，是由大脑皮质上暂时神经联系的接通。（由后来大脑的造影研究中证实，这个区域正是掌管意识思惟的主要区域。）无条件刺激和条件刺激分别在大脑皮质上形成两个兴奋点，其中无条件刺激所引发的兴奋点比较强，条件刺激的兴奋点较弱。这两个兴奋点经过多次结合后，两兴奋点实现暂时的功能接通，使得条件刺激单独作用所引发的兴奋，可以引发无条件刺激的反应皮质区的相应反应，也就是大脑皮质上两个兴奋点神经联系的永久接通。当大脑皮质上的两个兴奋点接通以后，条件刺激就取得一条与无条件刺激沟通的快捷方式。
第二节 制约行为形成的源头──潜意识
由于当时的实验工具过于简单，有关脑部造影的计算机医疗器材尚未发展出来，所以巴氏的论述似乎有些太过简化了。因为，巴氏认为：“在制约行为的形成过程里，主要是由中枢神经系统高级部分实现的，是大脑皮质上神经联系的接通。”这是“结果论”，他似乎尚未找到制约行为形成的真正根源；与受制约后，同样的制约行为，再度被启动的源头。因为，若不是这个包括视丘、下视丘、杏仁核（amygdala）、海马回（hippocampus）的边缘系统（limbic system）提供重要的支持，若不是各式各样的神经蛋白元与神经传导物质的释放，制约行为是不可能形成的，大脑皮质上的神经联系也不可能如此牢固的。边缘系统是大脑的发电厂，负责产生食欲、动机、、情绪和心情，并驱使我们所有的行为。这个区域正是潜意识末那运作的反应区，而大脑皮质则是意识运作的反应区（意根末那是遍在大脑五胜义根的集合体，它的运作非仅限于此，而意识之运作亦非只限于大脑皮质，这只是由神经科学的实验现观，偏显其各自运作之重点。）我们的意识思想只不过是扮演调节者的角色，专替潜意识世界产生的需求做调节工作而已。当意识的思考与潜意识情绪发生冲突时，通常是主导情绪产生的潜意识会战胜的。因为，有关情绪的习气，无始以来就设定在我们的潜意识末那里面。
由近代大脑扫瞄技术的发展与应用，透过脑波（EEG），或脑磁波（MEG），或正子断层扫瞄（PET），或核磁共振（MRI），或近红外光光谱仪（NIRS）之研究，从大脑活动的造影，神经科学家找出与刺激有关的相应部位，并观察大脑讯息的传递过程中，证实很多与生存机制有关的指令，都是由边缘系统函盖的这几个部分发出的；乃至于与生存有间接关系的心理防卫机制，诸如喜、怒、哀、乐之情绪反应等，都与边缘系统息息相关，也就是与潜意识末那息息相关。神经科学家发现，边缘系统和大脑皮质之间有解剖学上的联系，它与负责意识经验的皮质有多种的联系，并默默的主导著行为的产生。一个新的行为的形成，必是由大脑皮质之意识区经过思惟确定后，再由主掌与认知、学习、记忆有关之边缘系统决定储存与否，这又牵涉到当前记忆、短期记忆、与长期记忆之互动与形成（有关记忆之形成，限于篇幅无法详述，他日有缘另行探讨。）当长期记忆形成后，大脑皮质区相关之神经元便牢而紧密的相互键结，而受制约的习气也就这样的形成了，而且不容易改变，并反过来影响下一次行为的重现与意识思惟的方向。
不同的制约行为有其不同的制约强度与深度，这牵涉的层面相当广，不是三言两语可以道尽。而基本上，与生存机制有关的制约行为，大都比较深沈而牢固，也就是为了保护与生命生存有关的行为，比较容易再度形成新的制约行为。而其它制约行为的产生，大多是在这个前提之下辗转而生。这是意识与潜意识末那交互运作的结果，这个运作形成一个循环，你很难分得出来是意识影响潜意识末那，或是潜意识末那影响意识。若从“种子起现行”来说，一切行为都是由潜意识末那所启动，故当然是由潜意识末那影响意识的思惟运作。若从“现行熏种子”来说，意识行为的现行与思惟造作，反过来增强潜意识末那对此行为的执著，故由这个角度来看是意识影响潜意识末那。这种周而复始的制约行为，重复的再现与增强，也就是“种子起现行，现行熏种子”的具体表现。
意识与意根末那，这两个难兄难弟真是形影不离；众生之所以会轮回流转，它们两个是最大的股东；再加上前五识这五个小股东，就在如来藏阿赖耶识这个公司里开门做生意了，至于谁是最大的股东且掌控所有的经营权，请看下一节的说明。
第三节 影响制约行为的两条讯息管道
在此，我们以恐惧的制约来说明。已经受制约的恐惧，是一种特别的记忆；它跟一般的记忆不同，不需要意识的提取；甚至再次传进脑中时，也不需要意识的思惟与表达，与其相应的行为或动作就已经完成了。要了解这个机制，我们需要先了解，一个有危险性的讯息进入大脑的处理过程。这是由纽约大学神经科学家雷杜克斯（LeDoux, Joseph）所研究提出的──感官讯息沟通的两种独立的管道：
所有的讯息都从眼、耳、鼻、舌、身等感觉管道进来，都先进入视丘，在那里分类后送到合适的处理站去处理。在情绪性刺激的情况下，如看见草中有一条蛇，这个讯息兵分两路进入大脑，两条路都通到杏仁核（amygdala），这是大脑的警报中心，是潜意识末那的主要辖区之一，也是制造情绪反应的地方，从这里之后，路径便分道扬镳。
第一条路进入脑后方，眼俱意识所在的视觉皮质区，在此处理、分析过以后再往前方送。在视觉皮质时还只是讯息而已──一个长的、细的、会动的绿色东西，有花纹在牠的背上；到此为止，都属于显境名言范围所摄。接下来辨识中心开始工作，决定这个东西是什么，将牠挂上名牌，这时才是表义名言的生起；并且激发出这个名字背后所储藏的知识，此时仍然回归显境名言，并且与记忆联系起来。因此，现在这个细长、背上有花纹的东西被挂上“蛇”的名字，原来储藏在长期记忆中有关蛇的讯息被释放出来：动物吗？不同种类？危险？这些因素现在集合在一起变成一个讯息：“是蛇！在这里，就是现在，救命啊！”这个讯息送到杏仁核，它就使身体开始行动了。
你可以看到这第一条通路很长，经过好几个地方，在每个地方都停一下，这一条路是以意识的运作为主轴。在紧急的情况下，这条路实在太慢，所以还需要一个快速反应的系统，这便是以潜意识意根的运作为主轴的系统，也就是从视丘分出来的第二条路。视丘与杏仁核很靠近，有很厚的神经纤维束相连接，杏仁核又与下视丘紧密连接，这是控制身体采取战斗或逃命反应行动的地方，因此使讯息从眼睛传入，到身体产生反应，在毫秒内完成。
这种恐惧的制约，深入了主宰杏仁核的潜意识意根中，它与动物的生存机制紧密的结合在一起，与其相关或类似的讯息，都将被“类化”在这个恐惧的概念底下，这是动物借著显境名言求生存的基本机制。即使它可能会作错误的判断，也不愿放弃一丝丝保护自身生命的机会。这些直接反应情境的制约行为，将会透过意识的思惟分析而再度修正它；如夜晚于野外见到草绳，误以为蛇，意识的思惟未启动之前，潜意识意根的制约反应行为已经先完成；待意识确认是误判以后，恐惧的制约才能解除；不过你可能余悸犹存，内心久久不能自已；因为你的正肾上腺素早已被启动而遍满全身了，想要让其归于沈寂，还得一段时间的沈淀。若是老眼昏花，或是意识也跟著误判，那草绳就变真蛇了，这个恐惧将永远跟著你，直到误判的情境被解除；中国古时有名的“杯弓蛇影”的故事，就是这样产生的，都与潜意识有关；而潜意识就是二乘法中说的意根，在大乘法中又名为末那识。
由雷杜克斯（LeDoux, Joseph）所提出的研究结果，我们看到一个行为的开始，意识的思惟永远是在潜意识末那的后面产生的，它只是在调节潜意识末那的反应与需求，应意根末那之所需而提供更精细的信息，供其下一步的行动做参考。而且，意识的思惟方向基本上脱离不了潜意识末那的影响，它会修正潜意识末那的方向，但是意根末那不一定会接受。由后来神经科学的思考方向以及发展来看，我们知道这一切制约行为的形成，似乎并不只是这么的单纯；纵然是一个简单的行为动作的产生，都牵涉到整个大脑的通力合作。而大脑又是由许多部分组成的，每一部分都有它自己特定的功能，而各部位并不是静态的组合；每一个脑都是独一无二的，不断在改变，并对环境相当敏感。脑的各个模块会互相协助、互相作用，它们的功能并不是僵化、固定的；有时某部分会越俎代庖，接替另一部分的工作；有时则因环境或基因的因素，完全失去功能。大脑活动受到电流和化学物质所控制，甚至受到可能会扭曲时间的量子效应所影响。整个大脑是因动态的系统而组合成一个整体，这个系统可以同时做一百万件不同的事。而这些生化作用的运作，都不是如豆腐般的大脑能够独立运作的，也不是大脑自己在运作的，大脑其实是依赖这些生化作用才能运作的。这些都与如来藏阿赖耶识中七转识种子的流注有著密切的关系，也与如来藏自身的六尘以外的知觉性有关；尤其潜意识末那更是居于主导性的地位，而意识的审思配合也是举足轻重，但都得依靠如来藏的心行运作才能做得到。但是对于六尘中的许多事情做快速而直接的反应，都是由意根末那识在主导的。
关于这一点，教证中的“意为先导”如是说，理证上的现观也如是，神经科学家的实验结果也证明如是。这一切都在说明：一切粗细意识皆是“意（根）、法为缘生”。会提出意根末那乃意识所生之细意识之邪论的人，很显然不但违教，而且悖理，更违反世人所认为客观的科学实验结果。这些人动不动就祭出学术研究的大旗，以古文献为依据的考古学或训诂学的角度，对经论圣典论长论短、论真论假。他们都自以为是的认定：透过有系统的针对古时不正确弘法者的数据整理，加以归纳、演绎后，所得出的结果就是符合科学，就是接近真相，就是最客观的。然而什么是客观？集了许多人的主观妄想，以形成共识，就是客观？“众口铄金”就是客观？依据有限而偏颇的历史资料，而做出的逻辑推论就是客观？以这些态度研究世间学问，都已经失之偏颇了！更何况讲求实证的佛法，岂可如此轻率！以佛法来说，真正的客观必须契证如来藏，转依其清净、无为体性，所发起的观慧才是客观。其实，真正的科学必须经得起事实的重复验证，而不是只有资料的搜集与推论。佛法的修证更是如是，需从自身五阴十八界的观行去印证佛语，也验证自身，并且能验证一切有情，而不是如佛学研究者，由古时的断简残篇中拼凑出大象的尾巴，就说这是科学的证据，就说它是大象。这还不打紧，有些人根本是拿著狐狸的尾巴，就说是大象的尾巴，简直是龙蛇不分、是非不明。这都是不事修证，以佛学学术研究自娱所产生的邪思、谬见。
第三章 制约与习气
此处所说的制约行为，其实就是习气，就是行为的惯性，就是业力。虽然由无量世以来，错综复杂的因果而产生的习气、业力，不是我们所能全部了知的，但是它所产生的原理都同样是“种子起现行，现行熏种子”的制约行为的形成与重现。其实，从现实生活的行、住、坐、卧中，只要用心观察，都不难看出习气与业力运作的影子──制约行为。
第一节制约行为无处不在
制约行为无处不在，也一直跟著我们，它默默的影响我们一切的行为。例如，当热恋中的少年男女看到心仪的对方时，为何不待意识思惟，内心早已小鹿乱撞？当这对男女看到与双方感情有关的事物时，心律为何会加快？当双方将赖以传情的通话时间，相约固定于每天的某一时段时，为何每天时间一到，不待电话铃声响起，已是千头万绪、心中澎湃不已？这一切都在说明：“你已经被爱情制约了。”说明白一点就是：“你已经成为爱情的俘虏了。”当一切与双方有关的事与物，被“类化”于爱情的概念底下，而反过来影响你的思想与行为，这就是“制约”。
相同的，当某些人、事、物与你的瞋心相应共鸣时，并逐渐形成你对同一个人、事、物的瞋习；当你下次遇到同样的人、事、物，不待语言文字思惟，瞋心已然悄悄抬头；不待意识思惟，与生气有关之内分泌、心跳、血压或其它生理反应，早已由潜意识中之杏仁核、下视丘所主导而悄悄启动；你可能不待对方动作、不待语言升起，早已面红耳赤，甚至怒不可抑，而且进一步影响后来与意识有关的思想与行为。由于与瞋心所相应之故，你的意识思惟将受其影响，你可能语无伦次或口出恶言。你的意识也可能盱衡情势，为顾及形象，不得不压抑愤怒行为的继续发展，但是潜意识末那这个茶壶内的风暴早已一发不可收拾。从这种不想生气却又偏偏由不得你的状况，再度看出意根末那是有多顽强。当瞋心的神经回路一旦被它启动，往往是很难压得住的，若无法透过正确的修行、观照，瞋行的制约只有再度的被增强。而瞋习之制约过程的逐步增强，是有其程度深浅之转折，一般众生由于无明所覆，很难深入观察得到。当某些人、事、物与己意相违，怨心已起，这正是瞋心抬头的开始。若不思对治，任其发展，意识将与其狼狈为奸，筹谋思量、设计报复，恼乱之心便相继而生，瞋的制约行为就跟著增强。若再不思对治，怨、恼之心将逐步蔓延而转成瞋恨之心，并付诸于身、口恶行，于是又完成了另一次的“种子起现行，现行再回熏种子”的环绕循环，如是将再度的用一根长钉，将此瞋行牢固的钉入潜意识末那里面，形成更深厚的瞋习种子，以待下次因缘的来临，再度生起更大的瞋习现行。
情绪的运作，是制约行为最容易观察出来的地方，尤其是负面的情绪。由于潜意识末那的顽强，意识除了为它提供服务以外，是很难与其抗衡的，除非能有智慧从根本加以解决。由于意根末那的一意孤行，造成大脑中神经蛋白元错误的释放，神经传导物质分泌的错乱，意识不得不沦为其附庸，并为其所操控；如此而来，使得情绪管理只有每况愈下而已；世纪三大病症之一的忧郁症的形成，与此有著极密切的关系。
第二节制约行为横跨三世
这一切包含身、口、意行的制约行为，其实是由意根的遍计所执性主导的，而这其中更牵涉到意根末那与意识觉知心的交互运作。业习的启动是由意根末那主导而启动，而业种的造作是由意识观察、思惟、造作后，加上意根思心所的同意之后而形成。其实，不管意识如何造业，不管它如何的思惟造作而形成多少的新习气，基本上都是由潜藏于如来藏中的潜意识末那之无始习气种子而来，也就是由无始以来之贪、瞋、痴无明化身而来。这个潜藏于潜意识末那深处之“习气档案”，不断地被意识提取出来实行，然后又不断地“另存新文件”，增强规模，这就是“制约”。制约行为其实很像颜色：只有几个主要颜色，但是你可以混合主要颜色而得出无数混合的颜色。所以，可以有百法、也可以有千法、万法、万万法……。在这法法相依、法法相立的辗转过程中，绝大多数都是染法，是让无明尘垢转趋深厚的来源，这可以从五十一个心所有法里面，善法只有十一个看出来。
所有的制约行为有一个共同的特质，那就是：一种对有机生物体的生存有利的思想或行为，会被永远的保存下来，而那些对生存无用的会自动褪去。换句话说，也就是与“俱生我执”有关的制约讯息将被优先处理，这也是潜意识末那的恒内执我性所主导的，也是众生流转生死的根源。用俗话来说，就是众生爱惜这个生命，爱惜这个能觉能知的“五蕴我”，已经爱到骨子里面去了。而“俱生我执”引生“分别我执”以及“我所执”后，与意识的后生执著相互辗转缠绕不休，形成无量无边的制约行为，并深深的嵌入潜意识末那，形成无量无数的习气种子。这些习气有深有浅、有粗有细，细的障碍成佛，粗的障碍解脱生死。而单单就与粗重的分段生死烦恼相应的习气论之，已是累牍盈篇，罄纸难尽了。这些性障习气，若不寻求根除之法，只有生生世世流转不停，而且大多是每况愈下。
而前面说受制约的习气行为，是由潜藏于潜意识末那深处之“习气档案”，不断地被意识提取出来，又不断地“另存新档”而增长厚实，这是站在现行运作的角度来说；其实真正搜藏这些档案，真正集藏这些习气种子的是如来藏阿赖耶识，故又称其为一切种子心识。这个种子心识虽然含藏了无量无边的有漏与无漏法种，但是祂本身却是如镜面一样，虽能涵摄一切相，却无碍自身本有之清净相，故称为如；因其不生不灭，本自清净，故称为真；并且远离六尘万法，而能随缘应物，如实的显现一切法相的功能，真实无虚；合此真实与不生烦恼的如如，即称为真如，是故真如即是如来藏阿赖耶识体上所显的真实法相，禅宗祖师就常常用真如来指称如来藏阿赖耶识心体，论师们有时也会以真如心、心真如，来称呼祂。这个道理是“臆想真如”者很难想象的，也是探求密意者最难解之处，但因不肯依止善知识真参实究的缘故，只凭经文的思惟研究而想得知，故而自陷吊诡之处而不自知。
他们的疑惑是：阿赖耶识含藏一切染污法种而为其所染，为何又说祂本自清净？既然阿赖耶识还有染污，那一定还有一个截然清净的真如体在其上面。这个问题正是出在没有如实、如理作意观行，再加上没有亲证而产生的问题，也是身我见未完全断除所致。故而无法将时时与六尘万法相应的七转识妄心，与远离六尘万法的真心阿赖耶识区分清楚。犹如盐水中之水，依然是水，它从未因盐溶于其中而改变其水本来的特性；盐水之所以会咸，是来自于氯化钠（NaCl）溶于其中的缘故，水只是提供一个溶解的环境而已，但水的本质并不跟著转变。相同的，阿赖耶识与无明七识共俱而受染污，染污之因是来自于七转识，七转识的染污种子“溶解”于如来藏中；七转识的染污种子是“溶质”，如来藏只是提供染污种子溶解的环境而已，但如来藏的自性并不转变。当如来藏与七转识的染污种子和合运作而名为阿赖耶识，这个时候阿赖耶识仍然具有如来藏自身所有的性用，只是众生为无明染污所覆，故无法了知而已。
这是众生意识思惟的局限性，所以佛学的学术研究，靠著意识对经文的思惟与理解，是无法了知的；只有透过参禅而亲证了，才能现前观照这个事实，才能了知自性清净心的如来藏，竟然有染污；而被染污后的如来藏自身的清净自性，却仍然没有被染污。众生性喜戏论，参禅也是如此，故多陷入“染、净”，“刹那、永恒”……等相对二法里，故透过意识思惟一个截然清净之体，妄自安立为真如；透过意识思惟而浪漫的想要“化刹那为永恒”，故而思惟：将意识心修至一念不生，将此时的意识离念灵知心名为真如心，名为永恒。若从前喻来说，这些人只是在水中的“盐分子”里打滚，尚未尝到水味；因为这些邪见，正是染污纯水的盐巴。
参禅人的如是邪见，也是一种制约；这是受了无始以来邪见、妄想习气种子的制约，故而牢不可破。纵然由于善知识的慈悲，勉强且短暂的将其摄受，却由于无始以来的邪见、妄想习气难以根除，终究还是退转了。而这些邪见、妄想习气，虽是因意识之现行而造作，但是幕后的主使者，依然是潜意识末那；因为它主导著意识的思惟方向，这是任何人、任何状况、任何时候都无法改变的无奈，也是众生流转生死的无奈。除非你能依著二乘见道之理，确实而如理作意的断除我见与三缚结后，不是误会式的断除我见与三缚结，进而断除五下分结与五上分结；或是依著大乘见道后之真心体性而如理作意，故而发起意识的妙观察智，由这个万法根本的实证与现观，才能真正逐步的对治意根末那的劣行，而此时也只是下品妙观察智的少分，以后要走的路还很远呢！
第三节知见立知，即无明本
复杂的制约行为，有著缜密的认知建构（cognitive structure），只有在经过意识心智很审慎的考量后才能得出，经过大脑各个意识皮质区与下面的边缘系统不断的交换讯息，才做出的决定。所有的认知建构，都牵涉到大脑中概念（concept）的形成，与语言、符号系统（symbol system）的建立与储存。每一个众生都有著先天的认知系统，是与生俱来而独一无二的；这个系统程序一开始就设定好了，我们只是依著这个原始的认知系统为基础，经过生存的竞争或环境的焠炼，发展出后天所需的认知系统。而这其中边缘系统的举足轻重，已由正子断层扫瞄（PET）等等之实验现观所证实，此实验现观证实意识皮质区思惟运作之前，与潜意识末那运作有关之边缘系统早已悄悄启动了；所以后天的意识认知，其实背后是受著潜意识末那的左右。虽然在意识与潜意识的交互运作过程里，潜意识末那是居于主导的地位，但是两者的沟通，基本上是双向的，所以是一种有机系统（organic system）的运作，而不是机械系统（mechanic system）的运作；也就是潜意识与意识两个都是能变异的有了知性的主体，能够互相沟通，而不是单向的指令下达。
也因为这样，透过意识对于染法的思惟造作，能让意根末那的无明习气转趋粗重。而透过意识对于无漏净法的正确的思惟、观照，继续熏习净法的过程中劝服了意根末那的习气，修行也才可能会有作用；否则即如外道，永远无法改变现状。犹如计算机中的主系统程序，它是出厂时所设定好的程序，所有外挂程序不管如何运作，都必须受其控制。会用计算机的人，一定时常注意系统运作顺畅与否，时时侦测外挂程序是否干扰主系统程序运作；甚至可透过外挂程序，来修正原始主系统程序的缺点。不会用计算机的人，一会儿中毒，一会儿当机，一台计算机用不了多久，由于操作习惯不良，背了一大堆垃圾档案还不知道，计算机的运作效能当然是每况愈下了。修行也是这样，你是在为你自己增加更多无明习气的“垃圾档案”？还是在修正意根所主导的这个系统的缺陷，让整部计算机的效能更顺畅？这是所有修行人都不能等闲视之的。
很不幸的，大部分的众生很难脱离无明的缠绕、纠葛，无始以来在主系统程序上背了无量无边的“垃圾档案”而难以自拔。无明烦恼的习气由过去世而来，它在此世周而复始的重现并增强，也终将由如来藏执持而流转至下一世，因为意根不是执持者，而意识不能去到下一世。这些形成无明的缠绕、纠葛，与名言习气中之表义名言和显境名言的交互运作，有著极密切的关系。这个系统在触五尘境和其上面所现之法尘境的同时，早已透过显境名言而了别完成，并兵分二路启动所有相应之行为，包括后来意识所思惟运作之表义名言的种子流注。而这二种名言习气的运作，又影响到有支习气与我执习气的形成，也终将又绕回来影响名言习气自身，并且影响到未来世显境名言的胜劣果报。在此限于篇幅，无法赘述。这意思主要是说：凡是落入意识境界中的人，都无法摆脱各种恶法制约的不断增强。只有远离见闻觉知的知，确实现观见闻觉知的知，正是生死流转的根本，才有可能摆脱恶法习气的制约，渐渐迈向成佛境界；这是一切大乘佛法修行人的首要之务，所以在《楞严经》中佛云：“知见立知，即无明本。”正是此意。
而在意根末那与意识觉知心互动的过程中，如来藏的配合是不能缺席的，也是必备的，而且如来藏才是储存所有档案的海底深处，也是让一切运作的根源。祂虽储存了许多的染、净法种以供七转识提取、使用，但祂本身却从来不贪、不取、不会六尘境，由于祂的清净法性及永离善染两边的法性，才能如明镜一般的容纳一切有漏、无漏之有为法相，也才能显发出其清净、无为的真如法相。当您证取祂后，并转依其本来、自性、清净、涅槃之功德性，就能逐渐深入体会世尊于《楞严经》中所说：“知见无见，斯即涅槃、无漏、真净。”之真义。
第四章 结语
从法国解剖学家杜胥内（Duchenne）以神经科学的观点，发现两种微笑所牵动的脸部肌肉是大相径庭的，而将由不同的神经回路所引动的微笑，区分为意识的“应酬式的微笑”，以及潜意识（末那）所直接传送出来而自动产生的“真正的微笑”（Duchenne Smile）。再由大脑造影研究中，发现反应意识思惟的大脑皮质，与反应潜意识运作的边缘系统（limbic system）的交互关系，我们发现潜意识末那是一切行为产生的真正源头。而在这些观察中，我们要强调的是：这些神经系统的运作并不是意识或潜意识末那的作用本身，而是它们运作的结果，也就是它们运作后的轨迹，也是科学工具所能观察得到的六、七识之见分的行相的轨迹之一。虽然这些只是浮光掠影，却让我们看到了意识与潜意识末那互动的奥妙，而意识与意根的这些运作，却都不能一刹那离开如来藏的支持，否则祂们什么也做不了；而如来藏本著一向不贪不厌、不执不弃的中道清净自性，不断的支持祂们的运作，使祂们在三界中圆成善恶因的造作与未来果报的领受，具足了圆满成就诸法的示现，所以如来藏完全是被动性的运作，这也为我们证明了经中“意（根）为先导”之圣训无讹。
从这里可以看出来，潜意识末那操控著意识思惟的方向，也证明《大乘密严经》卷三云：“诸仁者！阿赖耶海为戏论粗重所击，五法三性诸识波浪相续而生，所有境界其相飘动，于无义处中似义而现。诸仁者！阿赖耶识行于诸蕴稠林之中，意为先导；意识决了色等众境，五识依根了现境界，所取之境莫不皆是阿赖耶识〔所现〕。诸仁者！阿赖耶识与寿命暖触和合而住，意〔根〕住于此，〔意〕识复住意〔根〕，所余五识亦住自根。诸仁者！心、意及识住于诸蕴，为业所牵，流转不息；诸所有业因爱而起，以业受身，身复造业，舍此身已更受余身，如步屈虫行；心及心法生于诸趣，复更积集稠林之蕴。”这些教示正真无讹，悟后确实可以现前观察而证明是真实说。
由此经文可知，阿赖耶识行于五蕴稠林之中，由于意根末那之遍计所执性，执著诸戏论妄想，意识遂依祂而起分别执著，所有境界相飘动不实，于无义处中似义而现。而七转识诸蕴之所以现诸境界，皆是由于阿赖耶识集藏七转识诸染污法种，复由意根末那为先导，意识、五识方能相继现起。众生由于妄执如是三界六尘诸法为真，故为业习所牵，流转不停，故于识稠林中复造诸林而增益诸蕴之积聚。然而，三界六尘诸法实是阿赖耶识所变现，并无实法，是众生妄取诸法故辗转而生。这其中意根末那识，默容一切诸法的遍计性，与处处作主的所执性，是转生诸法的启动者，而意识与其辗转相依，更是强化一切种子熏染的帮凶。如《楞伽阿跋多罗宝经》中佛说：“大慧！现识〔末那识意根〕及分别事识〔意识〕，此二坏、不坏，相展转因。”正是此意。也就是说，无始劫来不坏的意根末那识，以及世世断坏而只有一世的意识觉知心，是互相影响的：末那识控制意识的思惟方向，而意识思惟之后也会回头影响到意根末那识的心性与决定，所以佛说“相展转因”，真是如实语、不诳语、诚实语，也是完全正确的宣示法界中的意根与意识的境界，语皆真实不虚。
从神经科学与大脑造影的实验结果，来看意识与潜意识末那辗转运作的交互关系，科学家都已倍感复杂难懂，而只能依实验结果“按图索骥”勾勒出其梗概而已。若从实证现观来看，意识与潜意识末那各自所相应的心所有法，以及它们交互运作的关系，则不是依著实验结果“按图索骥”的科学研究者所能了知的。现实生活中，意识与潜意识末那互动速度之快，互动模式之复杂，互动型态之多样，互动深度之微细，不是言语可以形容的，也不是将受实验者限制于某些实验条件中所能观察得到的，因为实验设计是由观察者操控其实验条件，而现实生活则是生命体的自主运作，其间有相当大的差异。光是意识之五遍行的运作，或末那之五遍行的运作，或是两者之交互运作，其中关系之复杂、之微细，不是科学实验所能控制的，也不是一般未悟者或探求密意者所能探知一二的；若要深入通达，则非我们能力所及，此非地上菩萨，无能为之；非诸佛，无能究竟。这牵涉到如来藏阿赖耶识中一切种子的流注，以及种智中极其甚深微细的部分，也正是 佛说三转唯识正义的精髓。这个令人叹为观止的“心智程控系统”，连科学家都不得不谦卑的说：“请记住，这些研究是心智探索的初步成果……，还有很多事情是科学家不知道的……。”科学家对于意识心智的探索，都已经感到如此的深奥难懂了，而印顺、昭慧……等无知之佛学研究者，既无佛法上修证之证量，又违科学实验之现观，竟然草率的说潜意识末那是意识所生之细意识，竟然说意识所依止的潜意识末那是意识所生的细意识；由此颠倒邪见，复将能生万法的阿赖耶识视为“性空唯名”、“虚妄唯识”的施设法而诽拨之，否定其真实存在而且有种种神妙难测的大用；不但自己造下无边的谤法罪业，并贻误诸多随学之众生；如是狮子身中虫，真是有愧披剃，实无立场身著僧衣、现出家相。
由于限于篇幅，本文并未列出许多教证；而且对于教证的说明，早已散见于萧老师许多著作里，请读者自行请阅，末学不再赘述。末学为此文的目的，除了第一章引言中的说明以外，另一个更重要的目的，其实是提出来与“家里人”共相惕励的──观行这一门功课，如黄俊雄布袋戏所说：“功夫是万底深坑。”般若道种智甚深、极甚深，若想一窥其堂奥，至少要有三个基本条件：第一个是如理作意观行，第二个是如理作意观行，第三个还是如理作意观行。因为，一切不如理作意，均与此正观无缘相应故，必定会落入邪观之中，这也就是为什么禅宗祖师与萧老师苦口婆心而一再的强调“不识本心，学法无益”的道理。因为，证悟本心阿赖耶识以后，才可能“转依”其清净体性，真正的如理作意观行，才可能真正迈入悟后起修之路。末学在此进一步提出建议：即使悟后，也不可稍有自满或轻慢之心，否则仍将会因为基础不够扎实，以及往世的熏习与观行仍不够深入，反而在正确的基础上作了不如理的、方向偏差的思惟，不免如同2003年初那些人一样的退失于正法而又误以为极大的增上。
第一章 引言
在第九期的电子报，末学以“从微笑浅谈末那与意识之奥妙”为题，简单的叙述了末那与意识的互动状况。文中对于由意识所启动的“应酬式的微笑”以及潜意识（末那）所直接传送出来而自动产生的“真正的微笑”（Duchenne Smile）作一简单的剖析。其中借用了法国解剖学家杜胥内（Duchenne, Guillaume 1806～1875）以神经科学的观点，发现这两种微笑所牵动的脸部肌肉是大异其趣的，当然其所引动的神经回路也是不同的。我们从这里看到了“微笑在为我们说法”，也很高兴实证的神经心理学为佛法提供了强而有力的左证。今天，我们尝试以心理学中有名的“古典制约论”，再度探讨末那与意识之奥妙。之所以在众多的心理学理论中选择巴伐洛夫（Pavlov, Ivan Peterorich 1849～1936）的“古典制约论”，来谈末那与意识之奥妙，是因为“制约”的行为正是习气形成或修除的主因，也就是“种子起现行，现行熏种子”的最佳写照。在此，仅藉“制约”行为的形成来说明末那与意识的互动状态，文中或许会兼谈及大脑信息处理系统、认知心理学的“认知论”，或是谈及以大脑与神经系统为重点的“生理（神经）心理论”，然亦只是为阐述主题之所需而借用其实验之现观，并无意著墨于各派心理学理论的全面探讨。
其实从佛法的角度来说，一切科学的结论都是戏论，他们是用对了方法，却搞错了方向，所以往往做对了实验，却搞错了结论。这是众生意识思惟的有限性，也是未能了解生命实相──如来藏，而妄生情解、未能如理作意之故。也因为科学理论是由意识堆砌而成，所以往往是长江后浪推前浪，是很容易受后来的理论与实验所推翻，是一种终将败坏散去的生灭之法。在此，我们也知道用行为科学来证明佛法，有其相当大的局限性，也容易受误解；因为绝大部分的行为科学研究者都是持著唯物观点，他们大多受了达尔文演化论所影响。达尔文所提出的“演化、天择”，是一种无因论及断灭论；达氏的主要论述中提到，物种的变异是由自然机率碰撞而来，是无因而生，这是标准的“自然外道”。诚然，达氏的理论提供了近代生物遗传学的一个重要思考方向，但是其以“唯物”为主的思考而将一切物种加以“物化”，犯了严重“化约论”的毛病。姑且不论此论是否与佛法相违，仅在事实上就受到许多有心探讨心智（mind）秘密之科学家的质疑，然这部分并非本文所探讨之重点。
其实，讲究实证的科学必有其存在的价值，若暂时排除他们的结论，而借用他们的实验成果来旁证佛法，并非毫无可取之处。在此略抒管见，只希望能引起有心修学唯识增上慧学之菩萨的共鸣，但愿能不违第一义悉檀，而方便以世间言说述之，用来证明世尊圣教之殊胜，来证明 平实导师所述之法义如实、如义，则佛法幸甚！众生幸甚！
第一节 从行为科学切入的理由
其实，唯识种智之学早已涵盖一切世出世间法，也涵盖一切有为、无为法，而现代科学只是有为法中的一部分，属于行为科学之制约心理学则更仅是其中之一小部分，我们学佛人又何必多此一举，徒增读者葛藤、增长戏论呢？但是：
一者，是因为大部分的众生或由于见取见的缘故，带著科学的傲慢与偏见，迷信自以为是的科学，却将佛法视为迷信而弃如蔽屣，故我们愿意以他们所认知的科学角度，从此切入来探讨这个问题。
二者，行为科学发展到今日，对于人类行为与精神的解释，著实为我们掀开了行为与精神的部分面纱。诚然，尚有很多的问题，现代行为科学或解释了一部分，或尚无法解答。如英国著名神经医学专栏作者卡特（Carter, Rita）所说：“神经科学的研究并不能释疑何谓存在的本质，但是可以提供解决的线索。请记住：这些研究是心智探索的初步成果……，还有很多事情是科学家不知道的……。”虽然很多行为科学研究者是唯物论者，但是从这些话可以看出一个科学研究者的严谨态度，我们仍然敬佩像这样“有一分证据，说一分话”以及“知之为知之，不知为不知”之谦卑而务实的科学精神。所以纯就科学实验之过程及结果来说，若是不见取其实验之结果而提出错误之论证，基本上我们还是对于实证的行为科学抱持正面、肯定的态度。因为，真正的佛法，正是一门实证之学，而行为科学所为我们解开的面纱，也或多或少为我们开启了另一扇观行实证之门。
三者，近代以印顺法师为首的佛学学术研究者，由于未能契证赖耶本心之真如性，非但以“性空唯名”、“虚妄唯识”诽拨赖耶本心，将实有谤为虚无，甚且提出意根末那乃意识所生而名为细意识之邪论，不但违背 世尊“意（根）、法为缘生意识”之圣教，也与一切现观相违。故我们也愿意藉这个机会，以现代行为科学的实验现观，来证明 佛说“阿赖耶识行于诸蕴稠林之中，意〔根〕为先导，意识决了色等众境……”之教示正真无讹。由此 世尊的教示，早已说明一切的意识思惟，或一切的行为造作，正是由意根末那识为先导而驱动的；自是无明众生颠倒邪见，才会产生“意根末那乃意识所生之细意识”之邪论。因此，若从科学实验或修行的实证现观论之，如是佛学学术研究者只是画饼充饥浪得虚名的本质，就充分显露出来了！如是崇尚哲思、玄谈之佛学学术研究者──印顺派法师，比起未学佛的行为科学研究者之脚踏实地，相对显得空泛不实，只是藉佛学学术研究之名以邀令誉尔。
四者，若依世界悉檀、为人悉檀、对治悉檀来说，不离第一义悉檀而有为众生之种种言说，亦应是佛陀所教诲者，亦是菩萨行者所当为者。而也唯有不离第一义谛来谈论种种世间相，方是真正的实践“佛法在世间，不离世间觉；离世觅佛法，恰如觅兔角”之圣训。否则，违教悖理而高唱“佛法在世间，不离世间觉”，如是而奢谈“人间佛教”，其实与佛法修证了无相干，而其一切言说都只是戏论中之戏论，是攀附于学术研究之世间盛名，自欺欺人而已。
第二节 如理作意是一切观行之母
欲以现代科学一窥佛法之堂奥，连禅宗初悟的曹源一滴水都尚未触及，更何况能取其一瓢饮！虽然，我们并不否认现代科学著实为人类揭开亘古以来的部分难题，但却也增长了无明凡夫的世智与辩聪。然而，科学这个工具对于学佛人来说是利是弊，却是因人而异，并不能一概而论。因为，有人因此增进观行之体验而与修证佛法相得益彰，也有人却因此满口戏论、满腹葛藤，而这其中之关键，是在于能不能“如理作意”。想要踏入“真正的如理作意”之门，亲证如来藏阿赖耶识而入于中道之门，并安忍其本来、自性、清净、涅槃之中道性，是必经、也是唯一之路。如是，方堪依之修学五法、三自性、七种第一义、七种性自性、二种无我以至通达无碍。
一个契证阿赖耶识而迈入相见道位且深入观行的人，一定能如理作意、如实了知：如来藏之性用，在众生因地时之阿赖耶识位已是深不可测，何况如来藏于佛地时之无垢识位，更是难思难量。细观自身八识之互动状况，烦恼习气如何形成？与习气形成息息相关之记忆如何运作？如何储藏？又如何提取？它们又如何影响我们的思想、行为？……？如上一言难以尽举之问题，现代科学亦只能解其冰山一角。若再论及阿赖耶识之其它性用，譬如大种性自性──众生如何依其别业摄取四大种而成就各自别别之正报身？如何依其共业而摄取四大种成就山河大地等之依报土？如何依其共业招感飓风、洪水、旱灾、刀兵劫等──则更是远远超乎现代科学所能了知的。这一切有漏、无漏有为法之运作，已是甚深极甚深，炫惑于有漏有为法上之无明众生，当然对于诸法本具之无漏无为性、清净性与真如性，更是无法想象的。如 世尊于《胜鬘经》所云：“自性清净心而有染污难可了知。有二法难可了知：谓自性清净心，难可了知；彼心为烦恼所染，亦难可了知。”正是此理。但这个自性清净心而有染污虽然如是难知难解，连大阿罗汉都无法证解，而这种般若境界却只是禅宗初悟明心的菩萨们所知，但明心悟后的禅宗菩萨们，却对上面所举的少数问题都仍无所知，还得要仰仗大善知识的悟后指导，才有可能渐次观察证实之。由此看来，以佛学的学术研究而想要证知佛法的密意，是难过肉身登天的。
所以，一个懂得依自性清净心──阿赖耶识──如理作意的人，一定常对于自身智慧之不足而深感惭愧，且一定会谨遵佛诫，绝不会轻贱般若之体──阿赖耶识，也不敢稍稍轻慢于活我法身慧命之恩师。更不会如2003年退转于阿赖耶识的人，轻贱禅三所发起的般若实相智之功德而说出“般若实相智可以从观看Discovery中获得”之痴话。诚然，对悟后依阿赖耶识“如理作意”的人来说，Discovery的节目确实可以增益般若种智之修学，并对其中之部分论述发起顺抉择分，如理简择其中正讹；然而对于不如理作意的人来说，对于轻贱阿赖耶识而退转回离念灵知心诸妄想法的人来说，Discovery的节目只是一个知识性的电视节目，提供消遣消遣、增长世间知识而已。若从佛法的角度来看，对于退失阿赖耶识心体本来无生的人，那仍然只是戏论；奢求从中获取点滴的佛法之法益，只是痴人说梦而已，以其不如理作意故，必定会产生种种违背佛法、悖离法界真相的妄想，那些人退失的人就是现成的例子。
第二章种子起现行，现行熏种子的制约行为
第一节 巴伐洛夫的古典制约论
对当代心理学稍有涉猎的人，都应该不会不认识这位俄国生理学家、心理学家、高级神经活动学说的创始人巴伐洛夫（Pavlov）。巴氏在与美国心理学家桑代克（Thorndike, Edward Lee 1874～1949）同时研究动物习性的期间，发现了条件反射现象。巴伐洛夫在实验室中发现，在喂食狗儿之前先让其听到铃声，然后食物伴随铃声出现。由于狗儿发现听到铃声之后就有食物出现，因此铃声和食物形成连结的概念（linked concepts），此后狗儿听到铃声便会流口水，这种现象被称之为“古典制约”；后来有关于制约心理学的理论，基本上均是脱胎于此。例如第二次世界大战期间，曾参与军方秘密作战计划的美国心理学家，新行为主义心理学派的主要代表人史金纳（Skinner, Burrhus Frederick 1904～1990），就是采用制约学习之“操作条件”作用的方法训练鸽子，用以控制飞弹与鱼雷，这是由“古典制约”所衍生出来的“操作制约”。
巴伐洛夫在“古典制约论”中，将来自于铃声的刺激称为“条件刺激”，将来自于食物之刺激称之为“无条件刺激”。巴伐洛夫认为“古典制约”主要是由中枢神经系统高级部分实现的，是由大脑皮质上暂时神经联系的接通。（由后来大脑的造影研究中证实，这个区域正是掌管意识思惟的主要区域。）无条件刺激和条件刺激分别在大脑皮质上形成两个兴奋点，其中无条件刺激所引发的兴奋点比较强，条件刺激的兴奋点较弱。这两个兴奋点经过多次结合后，两兴奋点实现暂时的功能接通，使得条件刺激单独作用所引发的兴奋，可以引发无条件刺激的反应皮质区的相应反应，也就是大脑皮质上两个兴奋点神经联系的永久接通。当大脑皮质上的两个兴奋点接通以后，条件刺激就取得一条与无条件刺激沟通的快捷方式。
第二节 制约行为形成的源头──潜意识
由于当时的实验工具过于简单，有关脑部造影的计算机医疗器材尚未发展出来，所以巴氏的论述似乎有些太过简化了。因为，巴氏认为：“在制约行为的形成过程里，主要是由中枢神经系统高级部分实现的，是大脑皮质上神经联系的接通。”这是“结果论”，他似乎尚未找到制约行为形成的真正根源；与受制约后，同样的制约行为，再度被启动的源头。因为，若不是这个包括视丘、下视丘、杏仁核（amygdala）、海马回（hippocampus）的边缘系统（limbic system）提供重要的支持，若不是各式各样的神经蛋白元与神经传导物质的释放，制约行为是不可能形成的，大脑皮质上的神经联系也不可能如此牢固的。边缘系统是大脑的发电厂，负责产生食欲、动机、、情绪和心情，并驱使我们所有的行为。这个区域正是潜意识末那运作的反应区，而大脑皮质则是意识运作的反应区（意根末那是遍在大脑五胜义根的集合体，它的运作非仅限于此，而意识之运作亦非只限于大脑皮质，这只是由神经科学的实验现观，偏显其各自运作之重点。）我们的意识思想只不过是扮演调节者的角色，专替潜意识世界产生的需求做调节工作而已。当意识的思考与潜意识情绪发生冲突时，通常是主导情绪产生的潜意识会战胜的。因为，有关情绪的习气，无始以来就设定在我们的潜意识末那里面。
由近代大脑扫瞄技术的发展与应用，透过脑波（EEG），或脑磁波（MEG），或正子断层扫瞄（PET），或核磁共振（MRI），或近红外光光谱仪（NIRS）之研究，从大脑活动的造影，神经科学家找出与刺激有关的相应部位，并观察大脑讯息的传递过程中，证实很多与生存机制有关的指令，都是由边缘系统函盖的这几个部分发出的；乃至于与生存有间接关系的心理防卫机制，诸如喜、怒、哀、乐之情绪反应等，都与边缘系统息息相关，也就是与潜意识末那息息相关。神经科学家发现，边缘系统和大脑皮质之间有解剖学上的联系，它与负责意识经验的皮质有多种的联系，并默默的主导著行为的产生。一个新的行为的形成，必是由大脑皮质之意识区经过思惟确定后，再由主掌与认知、学习、记忆有关之边缘系统决定储存与否，这又牵涉到当前记忆、短期记忆、与长期记忆之互动与形成（有关记忆之形成，限于篇幅无法详述，他日有缘另行探讨。）当长期记忆形成后，大脑皮质区相关之神经元便牢而紧密的相互键结，而受制约的习气也就这样的形成了，而且不容易改变，并反过来影响下一次行为的重现与意识思惟的方向。
不同的制约行为有其不同的制约强度与深度，这牵涉的层面相当广，不是三言两语可以道尽。而基本上，与生存机制有关的制约行为，大都比较深沈而牢固，也就是为了保护与生命生存有关的行为，比较容易再度形成新的制约行为。而其它制约行为的产生，大多是在这个前提之下辗转而生。这是意识与潜意识末那交互运作的结果，这个运作形成一个循环，你很难分得出来是意识影响潜意识末那，或是潜意识末那影响意识。若从“种子起现行”来说，一切行为都是由潜意识末那所启动，故当然是由潜意识末那影响意识的思惟运作。若从“现行熏种子”来说，意识行为的现行与思惟造作，反过来增强潜意识末那对此行为的执著，故由这个角度来看是意识影响潜意识末那。这种周而复始的制约行为，重复的再现与增强，也就是“种子起现行，现行熏种子”的具体表现。
意识与意根末那，这两个难兄难弟真是形影不离；众生之所以会轮回流转，它们两个是最大的股东；再加上前五识这五个小股东，就在如来藏阿赖耶识这个公司里开门做生意了，至于谁是最大的股东且掌控所有的经营权，请看下一节的说明。
第三节 影响制约行为的两条讯息管道
在此，我们以恐惧的制约来说明。已经受制约的恐惧，是一种特别的记忆；它跟一般的记忆不同，不需要意识的提取；甚至再次传进脑中时，也不需要意识的思惟与表达，与其相应的行为或动作就已经完成了。要了解这个机制，我们需要先了解，一个有危险性的讯息进入大脑的处理过程。这是由纽约大学神经科学家雷杜克斯（LeDoux, Joseph）所研究提出的──感官讯息沟通的两种独立的管道：
所有的讯息都从眼、耳、鼻、舌、身等感觉管道进来，都先进入视丘，在那里分类后送到合适的处理站去处理。在情绪性刺激的情况下，如看见草中有一条蛇，这个讯息兵分两路进入大脑，两条路都通到杏仁核（amygdala），这是大脑的警报中心，是潜意识末那的主要辖区之一，也是制造情绪反应的地方，从这里之后，路径便分道扬镳。
第一条路进入脑后方，眼俱意识所在的视觉皮质区，在此处理、分析过以后再往前方送。在视觉皮质时还只是讯息而已──一个长的、细的、会动的绿色东西，有花纹在牠的背上；到此为止，都属于显境名言范围所摄。接下来辨识中心开始工作，决定这个东西是什么，将牠挂上名牌，这时才是表义名言的生起；并且激发出这个名字背后所储藏的知识，此时仍然回归显境名言，并且与记忆联系起来。因此，现在这个细长、背上有花纹的东西被挂上“蛇”的名字，原来储藏在长期记忆中有关蛇的讯息被释放出来：动物吗？不同种类？危险？这些因素现在集合在一起变成一个讯息：“是蛇！在这里，就是现在，救命啊！”这个讯息送到杏仁核，它就使身体开始行动了。
你可以看到这第一条通路很长，经过好几个地方，在每个地方都停一下，这一条路是以意识的运作为主轴。在紧急的情况下，这条路实在太慢，所以还需要一个快速反应的系统，这便是以潜意识意根的运作为主轴的系统，也就是从视丘分出来的第二条路。视丘与杏仁核很靠近，有很厚的神经纤维束相连接，杏仁核又与下视丘紧密连接，这是控制身体采取战斗或逃命反应行动的地方，因此使讯息从眼睛传入，到身体产生反应，在毫秒内完成。
这种恐惧的制约，深入了主宰杏仁核的潜意识意根中，它与动物的生存机制紧密的结合在一起，与其相关或类似的讯息，都将被“类化”在这个恐惧的概念底下，这是动物借著显境名言求生存的基本机制。即使它可能会作错误的判断，也不愿放弃一丝丝保护自身生命的机会。这些直接反应情境的制约行为，将会透过意识的思惟分析而再度修正它；如夜晚于野外见到草绳，误以为蛇，意识的思惟未启动之前，潜意识意根的制约反应行为已经先完成；待意识确认是误判以后，恐惧的制约才能解除；不过你可能余悸犹存，内心久久不能自已；因为你的正肾上腺素早已被启动而遍满全身了，想要让其归于沈寂，还得一段时间的沈淀。若是老眼昏花，或是意识也跟著误判，那草绳就变真蛇了，这个恐惧将永远跟著你，直到误判的情境被解除；中国古时有名的“杯弓蛇影”的故事，就是这样产生的，都与潜意识有关；而潜意识就是二乘法中说的意根，在大乘法中又名为末那识。
由雷杜克斯（LeDoux, Joseph）所提出的研究结果，我们看到一个行为的开始，意识的思惟永远是在潜意识末那的后面产生的，它只是在调节潜意识末那的反应与需求，应意根末那之所需而提供更精细的信息，供其下一步的行动做参考。而且，意识的思惟方向基本上脱离不了潜意识末那的影响，它会修正潜意识末那的方向，但是意根末那不一定会接受。由后来神经科学的思考方向以及发展来看，我们知道这一切制约行为的形成，似乎并不只是这么的单纯；纵然是一个简单的行为动作的产生，都牵涉到整个大脑的通力合作。而大脑又是由许多部分组成的，每一部分都有它自己特定的功能，而各部位并不是静态的组合；每一个脑都是独一无二的，不断在改变，并对环境相当敏感。脑的各个模块会互相协助、互相作用，它们的功能并不是僵化、固定的；有时某部分会越俎代庖，接替另一部分的工作；有时则因环境或基因的因素，完全失去功能。大脑活动受到电流和化学物质所控制，甚至受到可能会扭曲时间的量子效应所影响。整个大脑是因动态的系统而组合成一个整体，这个系统可以同时做一百万件不同的事。而这些生化作用的运作，都不是如豆腐般的大脑能够独立运作的，也不是大脑自己在运作的，大脑其实是依赖这些生化作用才能运作的。这些都与如来藏阿赖耶识中七转识种子的流注有著密切的关系，也与如来藏自身的六尘以外的知觉性有关；尤其潜意识末那更是居于主导性的地位，而意识的审思配合也是举足轻重，但都得依靠如来藏的心行运作才能做得到。但是对于六尘中的许多事情做快速而直接的反应，都是由意根末那识在主导的。
关于这一点，教证中的“意为先导”如是说，理证上的现观也如是，神经科学家的实验结果也证明如是。这一切都在说明：一切粗细意识皆是“意（根）、法为缘生”。会提出意根末那乃意识所生之细意识之邪论的人，很显然不但违教，而且悖理，更违反世人所认为客观的科学实验结果。这些人动不动就祭出学术研究的大旗，以古文献为依据的考古学或训诂学的角度，对经论圣典论长论短、论真论假。他们都自以为是的认定：透过有系统的针对古时不正确弘法者的数据整理，加以归纳、演绎后，所得出的结果就是符合科学，就是接近真相，就是最客观的。然而什么是客观？集了许多人的主观妄想，以形成共识，就是客观？“众口铄金”就是客观？依据有限而偏颇的历史资料，而做出的逻辑推论就是客观？以这些态度研究世间学问，都已经失之偏颇了！更何况讲求实证的佛法，岂可如此轻率！以佛法来说，真正的客观必须契证如来藏，转依其清净、无为体性，所发起的观慧才是客观。其实，真正的科学必须经得起事实的重复验证，而不是只有资料的搜集与推论。佛法的修证更是如是，需从自身五阴十八界的观行去印证佛语，也验证自身，并且能验证一切有情，而不是如佛学研究者，由古时的断简残篇中拼凑出大象的尾巴，就说这是科学的证据，就说它是大象。这还不打紧，有些人根本是拿著狐狸的尾巴，就说是大象的尾巴，简直是龙蛇不分、是非不明。这都是不事修证，以佛学学术研究自娱所产生的邪思、谬见。
第三章 制约与习气
此处所说的制约行为，其实就是习气，就是行为的惯性，就是业力。虽然由无量世以来，错综复杂的因果而产生的习气、业力，不是我们所能全部了知的，但是它所产生的原理都同样是“种子起现行，现行熏种子”的制约行为的形成与重现。其实，从现实生活的行、住、坐、卧中，只要用心观察，都不难看出习气与业力运作的影子──制约行为。
第一节制约行为无处不在
制约行为无处不在，也一直跟著我们，它默默的影响我们一切的行为。例如，当热恋中的少年男女看到心仪的对方时，为何不待意识思惟，内心早已小鹿乱撞？当这对男女看到与双方感情有关的事物时，心律为何会加快？当双方将赖以传情的通话时间，相约固定于每天的某一时段时，为何每天时间一到，不待电话铃声响起，已是千头万绪、心中澎湃不已？这一切都在说明：“你已经被爱情制约了。”说明白一点就是：“你已经成为爱情的俘虏了。”当一切与双方有关的事与物，被“类化”于爱情的概念底下，而反过来影响你的思想与行为，这就是“制约”。
相同的，当某些人、事、物与你的瞋心相应共鸣时，并逐渐形成你对同一个人、事、物的瞋习；当你下次遇到同样的人、事、物，不待语言文字思惟，瞋心已然悄悄抬头；不待意识思惟，与生气有关之内分泌、心跳、血压或其它生理反应，早已由潜意识中之杏仁核、下视丘所主导而悄悄启动；你可能不待对方动作、不待语言升起，早已面红耳赤，甚至怒不可抑，而且进一步影响后来与意识有关的思想与行为。由于与瞋心所相应之故，你的意识思惟将受其影响，你可能语无伦次或口出恶言。你的意识也可能盱衡情势，为顾及形象，不得不压抑愤怒行为的继续发展，但是潜意识末那这个茶壶内的风暴早已一发不可收拾。从这种不想生气却又偏偏由不得你的状况，再度看出意根末那是有多顽强。当瞋心的神经回路一旦被它启动，往往是很难压得住的，若无法透过正确的修行、观照，瞋行的制约只有再度的被增强。而瞋习之制约过程的逐步增强，是有其程度深浅之转折，一般众生由于无明所覆，很难深入观察得到。当某些人、事、物与己意相违，怨心已起，这正是瞋心抬头的开始。若不思对治，任其发展，意识将与其狼狈为奸，筹谋思量、设计报复，恼乱之心便相继而生，瞋的制约行为就跟著增强。若再不思对治，怨、恼之心将逐步蔓延而转成瞋恨之心，并付诸于身、口恶行，于是又完成了另一次的“种子起现行，现行再回熏种子”的环绕循环，如是将再度的用一根长钉，将此瞋行牢固的钉入潜意识末那里面，形成更深厚的瞋习种子，以待下次因缘的来临，再度生起更大的瞋习现行。
情绪的运作，是制约行为最容易观察出来的地方，尤其是负面的情绪。由于潜意识末那的顽强，意识除了为它提供服务以外，是很难与其抗衡的，除非能有智慧从根本加以解决。由于意根末那的一意孤行，造成大脑中神经蛋白元错误的释放，神经传导物质分泌的错乱，意识不得不沦为其附庸，并为其所操控；如此而来，使得情绪管理只有每况愈下而已；世纪三大病症之一的忧郁症的形成，与此有著极密切的关系。
第二节制约行为横跨三世
这一切包含身、口、意行的制约行为，其实是由意根的遍计所执性主导的，而这其中更牵涉到意根末那与意识觉知心的交互运作。业习的启动是由意根末那主导而启动，而业种的造作是由意识观察、思惟、造作后，加上意根思心所的同意之后而形成。其实，不管意识如何造业，不管它如何的思惟造作而形成多少的新习气，基本上都是由潜藏于如来藏中的潜意识末那之无始习气种子而来，也就是由无始以来之贪、瞋、痴无明化身而来。这个潜藏于潜意识末那深处之“习气档案”，不断地被意识提取出来实行，然后又不断地“另存新文件”，增强规模，这就是“制约”。制约行为其实很像颜色：只有几个主要颜色，但是你可以混合主要颜色而得出无数混合的颜色。所以，可以有百法、也可以有千法、万法、万万法……。在这法法相依、法法相立的辗转过程中，绝大多数都是染法，是让无明尘垢转趋深厚的来源，这可以从五十一个心所有法里面，善法只有十一个看出来。
所有的制约行为有一个共同的特质，那就是：一种对有机生物体的生存有利的思想或行为，会被永远的保存下来，而那些对生存无用的会自动褪去。换句话说，也就是与“俱生我执”有关的制约讯息将被优先处理，这也是潜意识末那的恒内执我性所主导的，也是众生流转生死的根源。用俗话来说，就是众生爱惜这个生命，爱惜这个能觉能知的“五蕴我”，已经爱到骨子里面去了。而“俱生我执”引生“分别我执”以及“我所执”后，与意识的后生执著相互辗转缠绕不休，形成无量无边的制约行为，并深深的嵌入潜意识末那，形成无量无数的习气种子。这些习气有深有浅、有粗有细，细的障碍成佛，粗的障碍解脱生死。而单单就与粗重的分段生死烦恼相应的习气论之，已是累牍盈篇，罄纸难尽了。这些性障习气，若不寻求根除之法，只有生生世世流转不停，而且大多是每况愈下。
而前面说受制约的习气行为，是由潜藏于潜意识末那深处之“习气档案”，不断地被意识提取出来，又不断地“另存新档”而增长厚实，这是站在现行运作的角度来说；其实真正搜藏这些档案，真正集藏这些习气种子的是如来藏阿赖耶识，故又称其为一切种子心识。这个种子心识虽然含藏了无量无边的有漏与无漏法种，但是祂本身却是如镜面一样，虽能涵摄一切相，却无碍自身本有之清净相，故称为如；因其不生不灭，本自清净，故称为真；并且远离六尘万法，而能随缘应物，如实的显现一切法相的功能，真实无虚；合此真实与不生烦恼的如如，即称为真如，是故真如即是如来藏阿赖耶识体上所显的真实法相，禅宗祖师就常常用真如来指称如来藏阿赖耶识心体，论师们有时也会以真如心、心真如，来称呼祂。这个道理是“臆想真如”者很难想象的，也是探求密意者最难解之处，但因不肯依止善知识真参实究的缘故，只凭经文的思惟研究而想得知，故而自陷吊诡之处而不自知。
他们的疑惑是：阿赖耶识含藏一切染污法种而为其所染，为何又说祂本自清净？既然阿赖耶识还有染污，那一定还有一个截然清净的真如体在其上面。这个问题正是出在没有如实、如理作意观行，再加上没有亲证而产生的问题，也是身我见未完全断除所致。故而无法将时时与六尘万法相应的七转识妄心，与远离六尘万法的真心阿赖耶识区分清楚。犹如盐水中之水，依然是水，它从未因盐溶于其中而改变其水本来的特性；盐水之所以会咸，是来自于氯化钠（NaCl）溶于其中的缘故，水只是提供一个溶解的环境而已，但水的本质并不跟著转变。相同的，阿赖耶识与无明七识共俱而受染污，染污之因是来自于七转识，七转识的染污种子“溶解”于如来藏中；七转识的染污种子是“溶质”，如来藏只是提供染污种子溶解的环境而已，但如来藏的自性并不转变。当如来藏与七转识的染污种子和合运作而名为阿赖耶识，这个时候阿赖耶识仍然具有如来藏自身所有的性用，只是众生为无明染污所覆，故无法了知而已。
这是众生意识思惟的局限性，所以佛学的学术研究，靠著意识对经文的思惟与理解，是无法了知的；只有透过参禅而亲证了，才能现前观照这个事实，才能了知自性清净心的如来藏，竟然有染污；而被染污后的如来藏自身的清净自性，却仍然没有被染污。众生性喜戏论，参禅也是如此，故多陷入“染、净”，“刹那、永恒”……等相对二法里，故透过意识思惟一个截然清净之体，妄自安立为真如；透过意识思惟而浪漫的想要“化刹那为永恒”，故而思惟：将意识心修至一念不生，将此时的意识离念灵知心名为真如心，名为永恒。若从前喻来说，这些人只是在水中的“盐分子”里打滚，尚未尝到水味；因为这些邪见，正是染污纯水的盐巴。
参禅人的如是邪见，也是一种制约；这是受了无始以来邪见、妄想习气种子的制约，故而牢不可破。纵然由于善知识的慈悲，勉强且短暂的将其摄受，却由于无始以来的邪见、妄想习气难以根除，终究还是退转了。而这些邪见、妄想习气，虽是因意识之现行而造作，但是幕后的主使者，依然是潜意识末那；因为它主导著意识的思惟方向，这是任何人、任何状况、任何时候都无法改变的无奈，也是众生流转生死的无奈。除非你能依著二乘见道之理，确实而如理作意的断除我见与三缚结后，不是误会式的断除我见与三缚结，进而断除五下分结与五上分结；或是依著大乘见道后之真心体性而如理作意，故而发起意识的妙观察智，由这个万法根本的实证与现观，才能真正逐步的对治意根末那的劣行，而此时也只是下品妙观察智的少分，以后要走的路还很远呢！
第三节知见立知，即无明本
复杂的制约行为，有著缜密的认知建构（cognitive structure），只有在经过意识心智很审慎的考量后才能得出，经过大脑各个意识皮质区与下面的边缘系统不断的交换讯息，才做出的决定。所有的认知建构，都牵涉到大脑中概念（concept）的形成，与语言、符号系统（symbol system）的建立与储存。每一个众生都有著先天的认知系统，是与生俱来而独一无二的；这个系统程序一开始就设定好了，我们只是依著这个原始的认知系统为基础，经过生存的竞争或环境的焠炼，发展出后天所需的认知系统。而这其中边缘系统的举足轻重，已由正子断层扫瞄（PET）等等之实验现观所证实，此实验现观证实意识皮质区思惟运作之前，与潜意识末那运作有关之边缘系统早已悄悄启动了；所以后天的意识认知，其实背后是受著潜意识末那的左右。虽然在意识与潜意识的交互运作过程里，潜意识末那是居于主导的地位，但是两者的沟通，基本上是双向的，所以是一种有机系统（organic system）的运作，而不是机械系统（mechanic system）的运作；也就是潜意识与意识两个都是能变异的有了知性的主体，能够互相沟通，而不是单向的指令下达。
也因为这样，透过意识对于染法的思惟造作，能让意根末那的无明习气转趋粗重。而透过意识对于无漏净法的正确的思惟、观照，继续熏习净法的过程中劝服了意根末那的习气，修行也才可能会有作用；否则即如外道，永远无法改变现状。犹如计算机中的主系统程序，它是出厂时所设定好的程序，所有外挂程序不管如何运作，都必须受其控制。会用计算机的人，一定时常注意系统运作顺畅与否，时时侦测外挂程序是否干扰主系统程序运作；甚至可透过外挂程序，来修正原始主系统程序的缺点。不会用计算机的人，一会儿中毒，一会儿当机，一台计算机用不了多久，由于操作习惯不良，背了一大堆垃圾档案还不知道，计算机的运作效能当然是每况愈下了。修行也是这样，你是在为你自己增加更多无明习气的“垃圾档案”？还是在修正意根所主导的这个系统的缺陷，让整部计算机的效能更顺畅？这是所有修行人都不能等闲视之的。
很不幸的，大部分的众生很难脱离无明的缠绕、纠葛，无始以来在主系统程序上背了无量无边的“垃圾档案”而难以自拔。无明烦恼的习气由过去世而来，它在此世周而复始的重现并增强，也终将由如来藏执持而流转至下一世，因为意根不是执持者，而意识不能去到下一世。这些形成无明的缠绕、纠葛，与名言习气中之表义名言和显境名言的交互运作，有著极密切的关系。这个系统在触五尘境和其上面所现之法尘境的同时，早已透过显境名言而了别完成，并兵分二路启动所有相应之行为，包括后来意识所思惟运作之表义名言的种子流注。而这二种名言习气的运作，又影响到有支习气与我执习气的形成，也终将又绕回来影响名言习气自身，并且影响到未来世显境名言的胜劣果报。在此限于篇幅，无法赘述。这意思主要是说：凡是落入意识境界中的人，都无法摆脱各种恶法制约的不断增强。只有远离见闻觉知的知，确实现观见闻觉知的知，正是生死流转的根本，才有可能摆脱恶法习气的制约，渐渐迈向成佛境界；这是一切大乘佛法修行人的首要之务，所以在《楞严经》中佛云：“知见立知，即无明本。”正是此意。
而在意根末那与意识觉知心互动的过程中，如来藏的配合是不能缺席的，也是必备的，而且如来藏才是储存所有档案的海底深处，也是让一切运作的根源。祂虽储存了许多的染、净法种以供七转识提取、使用，但祂本身却从来不贪、不取、不会六尘境，由于祂的清净法性及永离善染两边的法性，才能如明镜一般的容纳一切有漏、无漏之有为法相，也才能显发出其清净、无为的真如法相。当您证取祂后，并转依其本来、自性、清净、涅槃之功德性，就能逐渐深入体会世尊于《楞严经》中所说：“知见无见，斯即涅槃、无漏、真净。”之真义。
第四章 结语
从法国解剖学家杜胥内（Duchenne）以神经科学的观点，发现两种微笑所牵动的脸部肌肉是大相径庭的，而将由不同的神经回路所引动的微笑，区分为意识的“应酬式的微笑”，以及潜意识（末那）所直接传送出来而自动产生的“真正的微笑”（Duchenne Smile）。再由大脑造影研究中，发现反应意识思惟的大脑皮质，与反应潜意识运作的边缘系统（limbic system）的交互关系，我们发现潜意识末那是一切行为产生的真正源头。而在这些观察中，我们要强调的是：这些神经系统的运作并不是意识或潜意识末那的作用本身，而是它们运作的结果，也就是它们运作后的轨迹，也是科学工具所能观察得到的六、七识之见分的行相的轨迹之一。虽然这些只是浮光掠影，却让我们看到了意识与潜意识末那互动的奥妙，而意识与意根的这些运作，却都不能一刹那离开如来藏的支持，否则祂们什么也做不了；而如来藏本著一向不贪不厌、不执不弃的中道清净自性，不断的支持祂们的运作，使祂们在三界中圆成善恶因的造作与未来果报的领受，具足了圆满成就诸法的示现，所以如来藏完全是被动性的运作，这也为我们证明了经中“意（根）为先导”之圣训无讹。
从这里可以看出来，潜意识末那操控著意识思惟的方向，也证明《大乘密严经》卷三云：“诸仁者！阿赖耶海为戏论粗重所击，五法三性诸识波浪相续而生，所有境界其相飘动，于无义处中似义而现。诸仁者！阿赖耶识行于诸蕴稠林之中，意为先导；意识决了色等众境，五识依根了现境界，所取之境莫不皆是阿赖耶识〔所现〕。诸仁者！阿赖耶识与寿命暖触和合而住，意〔根〕住于此，〔意〕识复住意〔根〕，所余五识亦住自根。诸仁者！心、意及识住于诸蕴，为业所牵，流转不息；诸所有业因爱而起，以业受身，身复造业，舍此身已更受余身，如步屈虫行；心及心法生于诸趣，复更积集稠林之蕴。”这些教示正真无讹，悟后确实可以现前观察而证明是真实说。
由此经文可知，阿赖耶识行于五蕴稠林之中，由于意根末那之遍计所执性，执著诸戏论妄想，意识遂依祂而起分别执著，所有境界相飘动不实，于无义处中似义而现。而七转识诸蕴之所以现诸境界，皆是由于阿赖耶识集藏七转识诸染污法种，复由意根末那为先导，意识、五识方能相继现起。众生由于妄执如是三界六尘诸法为真，故为业习所牵，流转不停，故于识稠林中复造诸林而增益诸蕴之积聚。然而，三界六尘诸法实是阿赖耶识所变现，并无实法，是众生妄取诸法故辗转而生。这其中意根末那识，默容一切诸法的遍计性，与处处作主的所执性，是转生诸法的启动者，而意识与其辗转相依，更是强化一切种子熏染的帮凶。如《楞伽阿跋多罗宝经》中佛说：“大慧！现识〔末那识意根〕及分别事识〔意识〕，此二坏、不坏，相展转因。”正是此意。也就是说，无始劫来不坏的意根末那识，以及世世断坏而只有一世的意识觉知心，是互相影响的：末那识控制意识的思惟方向，而意识思惟之后也会回头影响到意根末那识的心性与决定，所以佛说“相展转因”，真是如实语、不诳语、诚实语，也是完全正确的宣示法界中的意根与意识的境界，语皆真实不虚。
从神经科学与大脑造影的实验结果，来看意识与潜意识末那辗转运作的交互关系，科学家都已倍感复杂难懂，而只能依实验结果“按图索骥”勾勒出其梗概而已。若从实证现观来看，意识与潜意识末那各自所相应的心所有法，以及它们交互运作的关系，则不是依著实验结果“按图索骥”的科学研究者所能了知的。现实生活中，意识与潜意识末那互动速度之快，互动模式之复杂，互动型态之多样，互动深度之微细，不是言语可以形容的，也不是将受实验者限制于某些实验条件中所能观察得到的，因为实验设计是由观察者操控其实验条件，而现实生活则是生命体的自主运作，其间有相当大的差异。光是意识之五遍行的运作，或末那之五遍行的运作，或是两者之交互运作，其中关系之复杂、之微细，不是科学实验所能控制的，也不是一般未悟者或探求密意者所能探知一二的；若要深入通达，则非我们能力所及，此非地上菩萨，无能为之；非诸佛，无能究竟。这牵涉到如来藏阿赖耶识中一切种子的流注，以及种智中极其甚深微细的部分，也正是 佛说三转唯识正义的精髓。这个令人叹为观止的“心智程控系统”，连科学家都不得不谦卑的说：“请记住，这些研究是心智探索的初步成果……，还有很多事情是科学家不知道的……。”科学家对于意识心智的探索，都已经感到如此的深奥难懂了，而印顺、昭慧……等无知之佛学研究者，既无佛法上修证之证量，又违科学实验之现观，竟然草率的说潜意识末那是意识所生之细意识，竟然说意识所依止的潜意识末那是意识所生的细意识；由此颠倒邪见，复将能生万法的阿赖耶识视为“性空唯名”、“虚妄唯识”的施设法而诽拨之，否定其真实存在而且有种种神妙难测的大用；不但自己造下无边的谤法罪业，并贻误诸多随学之众生；如是狮子身中虫，真是有愧披剃，实无立场身著僧衣、现出家相。
由于限于篇幅，本文并未列出许多教证；而且对于教证的说明，早已散见于萧老师许多著作里，请读者自行请阅，末学不再赘述。末学为此文的目的，除了第一章引言中的说明以外，另一个更重要的目的，其实是提出来与“家里人”共相惕励的──观行这一门功课，如黄俊雄布袋戏所说：“功夫是万底深坑。”般若道种智甚深、极甚深，若想一窥其堂奥，至少要有三个基本条件：第一个是如理作意观行，第二个是如理作意观行，第三个还是如理作意观行。因为，一切不如理作意，均与此正观无缘相应故，必定会落入邪观之中，这也就是为什么禅宗祖师与萧老师苦口婆心而一再的强调“不识本心，学法无益”的道理。因为，证悟本心阿赖耶识以后，才可能“转依”其清净体性，真正的如理作意观行，才可能真正迈入悟后起修之路。末学在此进一步提出建议：即使悟后，也不可稍有自满或轻慢之心，否则仍将会因为基础不够扎实，以及往世的熏习与观行仍不够深入，反而在正确的基础上作了不如理的、方向偏差的思惟，不免如同2003年初那些人一样的退失于正法而又误以为极大的增上。
